MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Synechococcus sp. PCC 6312 chromosome

Total Repeats: 55484

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_019680	CTC	3	9	181	189	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	427711180
2	NC_019680	GCC	2	6	191	196	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	427711180
3	NC_019680	TGG	2	6	254	259	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	427711180
4	NC_019680	ATG	2	6	332	337	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	427711180
5	NC_019680	TCC	3	9	408	416	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	427711180
6	NC_019680	AATC	2	8	439	446	50 %	25 %	0 %	25 %	427711180
7	NC_019680	T	6	6	518	523	0 %	100 %	0 %	0 %	427711180
8	NC_019680	GGA	2	6	622	627	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	427711180
9	NC_019680	GAT	2	6	811	816	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	427711180
10	NC_019680	AAG	2	6	848	853	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	427711180
11	NC_019680	GGT	2	6	897	902	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	427711180
12	NC_019680	C	6	6	918	923	0 %	0 %	0 %	100 %	427711180
13	NC_019680	A	6	6	1030	1035	100 %	0 %	0 %	0 %	427711180
14	NC_019680	ATT	2	6	1234	1239	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	427711180
15	NC_019680	CGG	2	6	1297	1302	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	427711180
16	NC_019680	GAA	2	6	1381	1386	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	427711180
17	NC_019680	GGC	2	6	1390	1395	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	427711180
18	NC_019680	CCG	2	6	1514	1519	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	427711180
19	NC_019680	ACTT	2	8	2290	2297	25 %	50 %	0 %	25 %	427711181
20	NC_019680	GTTGG	2	10	2298	2307	0 %	40 %	60 %	0 %	427711181
21	NC_019680	CG	3	6	2362	2367	0 %	0 %	50 %	50 %	427711181
22	NC_019680	CACAA	2	10	2391	2400	60 %	0 %	0 %	40 %	427711181
23	NC_019680	AATC	2	8	2462	2469	50 %	25 %	0 %	25 %	427711181
24	NC_019680	TCA	2	6	2482	2487	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	427711181
25	NC_019680	GGTA	2	8	2510	2517	25 %	25 %	50 %	0 %	427711181
26	NC_019680	T	6	6	2532	2537	0 %	100 %	0 %	0 %	427711181
27	NC_019680	ACGGA	2	10	2557	2566	40 %	0 %	40 %	20 %	427711181
28	NC_019680	ATC	2	6	2602	2607	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	427711181
29	NC_019680	T	6	6	2625	2630	0 %	100 %	0 %	0 %	427711181
30	NC_019680	GTG	2	6	2662	2667	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	427711181
31	NC_019680	CAT	2	6	2714	2719	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	427711181
32	NC_019680	GGT	2	6	2793	2798	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	427711181
33	NC_019680	CCG	2	6	2816	2821	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	427711181
34	NC_019680	GAA	2	6	2884	2889	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	427711181
35	NC_019680	C	6	6	3366	3371	0 %	0 %	0 %	100 %	427711182
36	NC_019680	ATT	2	6	3377	3382	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	427711182
37	NC_019680	CCA	2	6	3450	3455	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	427711182
38	NC_019680	GAA	2	6	3509	3514	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	427711182
39	NC_019680	ATT	2	6	3515	3520	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	427711182
40	NC_019680	GCG	3	9	3521	3529	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	427711182
41	NC_019680	G	6	6	3529	3534	0 %	0 %	100 %	0 %	427711182
42	NC_019680	GA	3	6	3663	3668	50 %	0 %	50 %	0 %	427711182
43	NC_019680	TGA	2	6	3736	3741	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	427711182
44	NC_019680	C	6	6	3746	3751	0 %	0 %	0 %	100 %	427711182
45	NC_019680	GCT	2	6	3779	3784	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	427711182
46	NC_019680	ATT	2	6	3878	3883	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	427711182
47	NC_019680	AGGG	2	8	3885	3892	25 %	0 %	75 %	0 %	427711182
48	NC_019680	TGG	2	6	3961	3966	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	427711182
49	NC_019680	CCG	2	6	3983	3988	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	427711182
50	NC_019680	GTG	2	6	4004	4009	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	427711182
51	NC_019680	GCA	2	6	4010	4015	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	427711182
52	NC_019680	GCC	2	6	4094	4099	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	427711182
53	NC_019680	TTTG	2	8	4108	4115	0 %	75 %	25 %	0 %	427711182
54	NC_019680	CCTGTT	2	12	4227	4238	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	427711182
55	NC_019680	AACC	2	8	4422	4429	50 %	0 %	0 %	50 %	427711182
56	NC_019680	GCC	2	6	4474	4479	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	427711183
57	NC_019680	T	6	6	4491	4496	0 %	100 %	0 %	0 %	427711183
58	NC_019680	CG	3	6	4505	4510	0 %	0 %	50 %	50 %	427711183
59	NC_019680	AAAT	2	8	4602	4609	75 %	25 %	0 %	0 %	427711183
60	NC_019680	GGT	2	6	4696	4701	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	427711183
61	NC_019680	TCA	2	6	4733	4738	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	427711183
62	NC_019680	ACT	2	6	4820	4825	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	427711183
63	NC_019680	TAA	2	6	4894	4899	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	427711183
64	NC_019680	CTG	2	6	4900	4905	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	427711183
65	NC_019680	GAA	2	6	5007	5012	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	427711183
66	NC_019680	TTC	2	6	5014	5019	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	427711183
67	NC_019680	TGG	2	6	5037	5042	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	427711183
68	NC_019680	CAC	2	6	5059	5064	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	427711183
69	NC_019680	GCT	2	6	5069	5074	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	427711183
70	NC_019680	AGG	3	9	5120	5128	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	427711183
71	NC_019680	TTC	2	6	5140	5145	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	427711183
72	NC_019680	GTTTG	2	10	5190	5199	0 %	60 %	40 %	0 %	427711183
73	NC_019680	GTT	2	6	5220	5225	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	427711183
74	NC_019680	TGG	2	6	5253	5258	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	427711183
75	NC_019680	GTTT	2	8	5276	5283	0 %	75 %	25 %	0 %	427711183
76	NC_019680	GTT	2	6	5484	5489	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	427711183
77	NC_019680	GGC	2	6	5524	5529	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	427711183
78	NC_019680	CGTTGA	2	12	5660	5671	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	427711183
79	NC_019680	ATA	2	6	5721	5726	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	427711183
80	NC_019680	CGG	2	6	5778	5783	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	427711183
81	NC_019680	AG	3	6	5805	5810	50 %	0 %	50 %	0 %	427711183
82	NC_019680	ATA	2	6	5876	5881	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	427711183
83	NC_019680	ATAGAC	2	12	6029	6040	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	427711184
84	NC_019680	CCA	2	6	6148	6153	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	427711184
85	NC_019680	CTG	2	6	6314	6319	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	427711185
86	NC_019680	CAA	2	6	6380	6385	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	427711185
87	NC_019680	ATTA	2	8	6506	6513	50 %	50 %	0 %	0 %	427711185
88	NC_019680	GGC	2	6	6536	6541	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	427711185
89	NC_019680	GGC	2	6	6623	6628	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	427711185
90	NC_019680	TAA	2	6	6652	6657	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	427711185
91	NC_019680	GCC	2	6	6699	6704	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	427711185
92	NC_019680	ATTGG	2	10	6715	6724	20 %	40 %	40 %	0 %	427711185
93	NC_019680	CACC	2	8	6772	6779	25 %	0 %	0 %	75 %	427711185
94	NC_019680	TCT	2	6	6792	6797	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	427711185
95	NC_019680	TGGG	2	8	6869	6876	0 %	25 %	75 %	0 %	427711185
96	NC_019680	AAGT	2	8	6894	6901	50 %	25 %	25 %	0 %	427711185
97	NC_019680	CTG	2	6	6940	6945	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	427711185
98	NC_019680	GAG	2	6	7076	7081	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	427711185
99	NC_019680	AGA	2	6	7092	7097	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	427711185
100	NC_019680	TAA	2	6	7117	7122	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	427711185
101	NC_019680	GAG	2	6	7171	7176	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	427711185
102	NC_019680	ATC	3	9	7193	7201	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	427711185
103	NC_019680	AGT	2	6	7507	7512	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	427711186
104	NC_019680	AGC	2	6	7605	7610	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	427711186
105	NC_019680	CCA	2	6	7656	7661	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	427711186
106	NC_019680	AC	3	6	7662	7667	50 %	0 %	0 %	50 %	427711186
107	NC_019680	GAA	2	6	7710	7715	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	427711186
108	NC_019680	CCTAGT	2	12	7978	7989	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	427711187
109	NC_019680	GTA	2	6	8013	8018	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	427711187
110	NC_019680	TGAT	2	8	8067	8074	25 %	50 %	25 %	0 %	427711187
111	NC_019680	TTGCC	2	10	8091	8100	0 %	40 %	20 %	40 %	427711187
112	NC_019680	GAT	2	6	8105	8110	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	427711187
113	NC_019680	GCT	2	6	8120	8125	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	427711187
114	NC_019680	TGA	2	6	8179	8184	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	427711187
115	NC_019680	ACG	2	6	8210	8215	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	427711187
116	NC_019680	TGGGCC	2	12	8427	8438	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	427711188
117	NC_019680	TTC	2	6	8471	8476	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	427711188
118	NC_019680	TTC	2	6	8573	8578	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	427711188
119	NC_019680	AG	3	6	8689	8694	50 %	0 %	50 %	0 %	427711188
120	NC_019680	GGA	2	6	8725	8730	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	427711188
121	NC_019680	GCT	2	6	8786	8791	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	427711188
122	NC_019680	GAA	2	6	8836	8841	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	427711189
123	NC_019680	GCT	2	6	8923	8928	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	427711189
124	NC_019680	CAG	2	6	8956	8961	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	427711189
125	NC_019680	CCA	2	6	8980	8985	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	427711189
126	NC_019680	CGG	2	6	9077	9082	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	427711189
127	NC_019680	TGTC	2	8	9083	9090	0 %	50 %	25 %	25 %	427711189
128	NC_019680	TGT	2	6	9155	9160	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	427711189
129	NC_019680	GCA	2	6	9181	9186	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	427711189
130	NC_019680	CAA	2	6	9263	9268	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	427711189
131	NC_019680	CA	3	6	9323	9328	50 %	0 %	0 %	50 %	427711189
132	NC_019680	CCA	2	6	9389	9394	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	427711189
133	NC_019680	TTG	2	6	9416	9421	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	427711189
134	NC_019680	GCC	2	6	9498	9503	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	427711189
135	NC_019680	TAC	3	9	9510	9518	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	427711189
136	NC_019680	CGGT	2	8	9673	9680	0 %	25 %	50 %	25 %	427711189
137	NC_019680	GCT	2	6	9776	9781	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	427711190
138	NC_019680	ACTT	2	8	9787	9794	25 %	50 %	0 %	25 %	427711190
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142	NC_019680	CAT	2	6	9886	9891	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	427711190
143	NC_019680	TGACC	2	10	9892	9901	20 %	20 %	20 %	40 %	427711190
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151	NC_019680	CCT	2	6	10296	10301	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	427711190
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155	NC_019680	G	6	6	11070	11075	0 %	0 %	100 %	0 %	427711191
156	NC_019680	CGGG	2	8	11193	11200	0 %	0 %	75 %	25 %	427711191
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162	NC_019680	GA	3	6	11453	11458	50 %	0 %	50 %	0 %	427711191
163	NC_019680	TGA	2	6	11496	11501	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	427711191
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165	NC_019680	GTT	2	6	11673	11678	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	427711191
166	NC_019680	CGG	2	6	11841	11846	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	427711191
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247	NC_019680	TAA	2	6	17769	17774	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	427711198
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251	NC_019680	A	6	6	17918	17923	100 %	0 %	0 %	0 %	427711198
252	NC_019680	AGACCA	2	12	17937	17948	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	427711198
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255	NC_019680	ACT	2	6	18193	18198	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	427711198
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259	NC_019680	ACC	2	6	18320	18325	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	427711198
260	NC_019680	CAG	4	12	18385	18396	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	427711198
261	NC_019680	CCA	2	6	18435	18440	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	427711198
262	NC_019680	CATGA	2	10	18457	18466	40 %	20 %	20 %	20 %	427711198
263	NC_019680	AGCC	2	8	18468	18475	25 %	0 %	25 %	50 %	427711198
264	NC_019680	AAT	2	6	18478	18483	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	427711198
265	NC_019680	AATA	2	8	18500	18507	75 %	25 %	0 %	0 %	427711198
266	NC_019680	ACC	2	6	18512	18517	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	427711198
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273	NC_019680	GCC	2	6	18890	18895	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	427711198
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277	NC_019680	ACA	2	6	19428	19433	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	427711199
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285	NC_019680	CAG	2	6	19788	19793	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	427711199
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292	NC_019680	TGA	2	6	20015	20020	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	427711199
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297	NC_019680	TAAA	2	8	20162	20169	75 %	25 %	0 %	0 %	427711199
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373	NC_019680	CCAT	2	8	24318	24325	25 %	25 %	0 %	50 %	427711201
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379	NC_019680	AATCA	2	10	24725	24734	60 %	20 %	0 %	20 %	427711201
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382	NC_019680	CCG	2	6	24842	24847	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	427711201
383	NC_019680	GCCAG	2	10	24868	24877	20 %	0 %	40 %	40 %	427711201
384	NC_019680	CTCA	2	8	24893	24900	25 %	25 %	0 %	50 %	427711201
385	NC_019680	ACA	2	6	24980	24985	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	427711201
386	NC_019680	TCAGAG	2	12	25003	25014	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	427711201
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389	NC_019680	CACGC	2	10	25112	25121	20 %	0 %	20 %	60 %	427711201
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391	NC_019680	AAT	2	6	25220	25225	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	427711201
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393	NC_019680	CAT	2	6	25276	25281	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	427711201
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499	NC_019680	TCCAG	2	10	31300	31309	20 %	20 %	20 %	40 %	427711202
500	NC_019680	GA	4	8	31397	31404	50 %	0 %	50 %	0 %	427711202

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